출퇴근·근로시간 기록, 무엇을 얼마나 남겨야 하나

급여를 마감하려는데 한 직원의 퇴근 시간이 비어 있습니다. 사장은 앱에 찍힌 시간만 고치면 되는지, 종이 근태표도 출력해야 하는지, 몇 년 전 자료까지 남겨야 하는지 망설여요. 출퇴근 기록은 한 화면에 보이지만, 법이 보존하라고 적은 서류와 임금대장에 적어야 할 시간은 같은 질문이 아니에요.

근로기준법 제42조는 근로자 명부와 대통령령으로 정하는 근로계약에 관한 중요한 서류를 3년간 보존하도록 정합니다. 이 조문은 ‘모든 앱의 출퇴근 버튼 기록’을 이름으로 열거하지는 않아요. 그래서 무엇을 기록하는지, 그 기록이 임금 계산이나 근로계약 관련 서류에서 어떤 역할을 하는지 나눠 봐야 해요.

출퇴근 화면과 법정 보존서류를 같은 말로 부르지 마세요

현행 근로기준법 시행령 제22조제1항은 보존 대상의 예로 근로계약서, 임금대장, 임금의 결정·지급방법과 임금계산 기초에 관한 서류, 고용·해고·퇴직 서류, 승급·감급 서류, 휴가 서류, 일부 서면 합의 서류와 연소자 증명 서류를 듭니다.

여기에는 ‘출퇴근기록부’라는 단어가 따로 적혀 있지 않아요. 그렇다고 출퇴근 자료를 가볍게 지워도 된다는 뜻은 아니에요. 출퇴근 기록이 임금 계산의 기초가 되거나, 근로시간·연장근로 시간을 설명하는 자료라면 임금 관련 서류와 이어질 수 있어요. 반대로 어떤 기록을 어느 범위로 보존해야 하는지는 기록의 내용과 실제 사용 방식에 따라 확인해야 해요.

"직원관리 프로그램을 쓰면 법정 보존은 자동으로 끝난다." 프로그램의 이름이나 저장 방식만으로 판단할 수는 없어요. 계약서, 임금대장, 임금 계산 근거가 실제로 남는지와 필요한 때 꺼내 확인할 수 있는지가 먼저예요. 시스템을 바꾸거나 구독을 끝낼 때는 과거 자료를 어떻게 확인할지도 미리 점검하는 편이 좋아요. 직원 일정 관리와 감시의 경계도 기록의 목적과 접근 범위를 나누는 관점을 다룹니다.

임금대장에는 근로일수와 근로시간수를 적습니다

근로기준법 제48조제1항은 사업장별 임금대장을 작성하고 임금을 지급할 때마다 법이 정한 사항을 적도록 합니다. 그 구체 항목은 시행령 제27조제1항에 있습니다. 근로자 개인별 성명과 특정 정보, 고용 연월일, 업무, 임금·가족수당 계산 기초, 근로일수, 근로시간수, 연장·야간·휴일근로를 시킨 경우 그 시간수, 임금 항목별 금액과 공제액을 적도록 정합니다.

그래서 출퇴근 기록을 볼 때도 “몇 시에 찍혔나” 하나만 보면 부족해요. 그 기록이 근로일수와 근로시간수, 연장·야간·휴일근로 시간을 설명할 수 있는지 따로 살펴봐야 해요. 누락을 발견했다면 조용히 숫자만 바꾸기보다 어떤 자료로 정정했는지 남기는 편이 좋아요. 주휴수당 조건처럼 근무일과 시간이 다른 급여 항목의 기준이 되기도 합니다.

3년은 모두 같은 날부터 세지 않습니다

시행령 제22조제2항은 보존기간의 시작일도 서류마다 나눕니다. 근로계약서는 근로관계가 끝난 날, 임금대장은 마지막으로 적어 넣은 날, 고용·해고·퇴직 서류는 근로자가 해고되거나 퇴직한 날부터 보존기간을 계산합니다. 그 밖의 서류는 완결한 날이 기준입니다. 그래서 ‘입사일로부터 3년’처럼 모든 자료에 같은 시작일을 붙이면 맞지 않을 수 있어요.

사장은 기록을 많이 모으는 것보다 먼저 분류해 보세요. 계약 조건은 계약서 묶음에, 근로일수와 시간은 급여 근거와 연결해, 휴가와 인사 변동은 해당 서류와 함께 두는 방식입니다. 누가 수정할 수 있는지와 수정 전후를 어떻게 확인할지도 정하면 좋아요. 직원 채용 첫 주 신고와 직원 퇴사처리방법처럼 입사·퇴사 단계에서 생긴 서류도 따로 찾기 쉬워집니다.

기록을 남기는 방식도 업무마다 나눠 두세요

출근·퇴근 기록은 시간을 확인하는 원자료로 두는 편이 좋아요. 근무표는 원래 약속한 근무일과 시간을 보여 주는 자료로 나눠 두세요. 급여 계산표에는 어떤 시간과 일수를 반영했는지 남겨 보세요. 임금대장은 법정 기재사항을 갖췄는지 별도로 점검해야 합니다. 같은 숫자가 여러 화면에 있어도 각각의 역할은 달라요.

한 달을 마감할 때는 빈칸부터 찾아보세요. 누락된 시간, 변경된 근무일, 연장·야간·휴일근로 표시가 서로 맞는지 보면 됩니다. 빈칸을 발견했다고 임의의 시간으로 채우면 안 돼요. 실제 자료가 무엇인지 확인하고, 필요한 경우 정정 근거를 남기는 편이 낫습니다. 누가 입력했고 누가 확인했는지를 안다면 다시 물어볼 사람도 분명해집니다.

전자 시스템을 쓴다면 저장 위치도 확인해 보세요. 계약이 끝나면 과거 기록을 볼 수 있는지 살펴봐야 해요. 다운로드한 파일만 있고 설명할 원자료가 없다면 나중에 연결이 어려울 수 있어요. 종이로 출력할지 여부와 별개로, 필요한 기간에 기록을 찾을 수 있어야 합니다. 파일 이름과 보관 기준을 한 번 정해 두면 담당자가 바뀌어도 덜 흔들립니다.

자료를 모두 한 폴더에 넣는다고 보존 의무가 자동으로 충족되는 것은 아니에요. 어떤 문서가 근로계약 관련 서류인지 구분해야 합니다. 어떤 문서가 임금 계산 근거인지도 구분해야 해요. 시행령 제22조의 목록과 실제 자료 이름이 다르면 내용으로 대조해야 합니다. 기록을 버릴 시점 역시 문서별 시작일을 보고 판단해야 합니다.

직원에게 시간을 확인받는 과정도 급여 처리와 떼어 놓지 마세요. 질문이 생긴 기간, 확인한 자료, 바뀐 내용이 있으면 남겨 두는 편이 좋습니다. 이것이 모든 분쟁을 없애 준다고 말할 수는 없습니다. 다만 ‘앱에 있었다’는 말보다 어떤 기록을 어떤 계산에 썼는지 설명하기 쉬워집니다. 개인정보 접근 권한과 보관 방식은 별도 법령과 내부 기준도 확인해야 합니다. 보존 대상별로 기준일과 보관 위치를 적은 목록을 만들면 자료를 찾는 순서가 분명해집니다. 그 목록도 실제 서류와 함께 주기적으로 대조합니다.

보관 기간이 남은 자료는 담당자가 바뀌어도 찾을 수 있는 위치에 두는 편이 좋아요. 기록의 종류와 마지막 확인일을 적은 목록은 실제 파일과 함께 관리합니다. 다음 기록을 요청받았을 때 바로 꺼낼 수 있는지도 가끔 확인해 보세요.

이 숫자를 읽을 때 알아두실 것

이 글은 근로기준법 **[시행 2026. 8. 20.] [법률 제21373호, 2026. 2. 19.]**과 근로기준법 시행령 **[시행 2025. 10. 23.] [대통령령 제35436호, 2025. 4. 8.]**을 기준으로 2026년 8월 29일 원문을 확인했습니다. 3년은 법 제42조의 보존기간이고, 시작일은 시행령 제22조제2항이 서류별로 나눈 기준을 따라야 합니다.

이 글만으로 특정 전자기록이 어떤 보존 대상 서류에 해당하는지, 다른 법률의 보존기간, 개인정보 처리 방식, 임금 계산의 적법성을 판단할 수는 없습니다. 법률 자문도 아닙니다. 실제 기록 체계를 정하거나 분쟁 자료를 보존할 때는 고용노동부 또는 공인노무사에게 기록의 내용과 사용 방식을 보여 주고 확인하세요.